El río Esla, antiguo Astura, límite entre tribus vacceas y astures, ha sido a lo largo de nuestra historia el eje vertebrador del territorio de Villafer; parece probado que paralela a su curso medio y sobre la terraza fluvial de la margen izquierda, existió desde tiempos prehistóricos una vía de comunicación que cruzaba de norte a sur la parte meridional de la actual provincia de León, enlazando los distintos asentamientos que a lo largo de los tiempos se han ido sucediendo en nuestra zona. Existen materiales arqueológicos en los tres yacimientos ubicados en la parte inmediata al escarpe que separa la terraza fluvial de la vega: “Los Arreñales”, “Casa Vieja de Belvís” y “Santa Colombica”.
Prehistoria
Los restos arqueológicos más antiguos datan del Paleolítico Inferior y entre ellos cabe destacar un bifaz, varias lascas, hendedores y una raedera; del Neolítico Calcolítico se han recopilado alisadores, hachas pulimentadas, una punta de flecha cruciforme, dos morteros de grano y un conjunto de escorias de cobre. Estos materiales fueron recogidos en el yacimiento de “Los Arreñales”. De la Primera Edad de Hierro hay indicios arqueológicos, sin estudiar, en el asentamiento de “La Casa Vieja de Belvís” y desde luego evidentes de la Segunda Edad de Hierro propios de la cultura castreña.
Edad Antigua
De esta etapa en Villafer se han documentado dos enclaves arqueológicos; el de “Los Arreñales” con materiales tardorromanos (cerámica común romana y materiales constructivos) y el segundo lugar el de “Casa Vieja de Belvís”: existió un cementerio tardorromano del que formaba parte una tumba que fue objeto de una intervención arqueológica en 1994.
Edad Media
En la Alta Edad Media la invasión de los árabes marcó una ruptura en la continuidad del poblamiento del mundo romano visigodo. Todo el valle del Duero sufrió una total despoblación (teoría del desierto estratégico). Posteriormente se inició una repoblación que aportaba caracteres distintos a la época pasada. En este sentido la situación del yacimiento de “Santa Colombica” sobre un montículo fácilmente defendible se nos manifiesta como un yacimiento de repoblación de los siglos IX y X con cerámica hecha a torno de tipo medieval y materiales constructivos (tégulas y ladrillos planos). Durante la Baja Edad Media Benavente se convirtió en villa de señorío y cabecera de Concejo; las aldeas que pertenecían a su alfoz (territorio) estaban divididas en merindades, cada merindad englobaba un número de aldeas; de las seis merindades que constituían el territorio de Benavente, Villafer formaba parte de la denominada merindad de allende el Río. En 1398 la familia Pimentel, oriunda de Portugal, recibió el señorío de Benavente y su primer conde fue Juan Alonso Pimentel y Vázquez de Fonseca.
Edad Moderna
Durante esta etapa Villafer siguió perteneciendo al señorío de los condes de Benavente. Por el Catastro del marqués de la Ensenada podemos conocer una serie de detalles de la localidad a mediados del XVIII. Se trata de un interrogatorio de 40 preguntas y sus contestaciones y nos muestran cómo era la sociedad de la época. Se pretendía modificar el sistema de tributos tan diversos e injustos y adaptarlos mejor a la condición personal de los súbditos.
Edad Contemporánea
Para España esta etapa comenzó con la guerra de la Independencia. Napoleón desde su cuartel general en Valderas envió al general Colbert con la caballería para pasar el Esla por Villafer; el general francés el 28 de diciembre de 1808 comprobó que el río era invadeable a la altura de la localidad debido a la gran crecida. La segunda opción fue reconstruir el puente de Castrogonzalo que en su retirada Sir Jonh Moore, general inglés, ordenó volar. Reparado el puente Napoleón se acomoda en Benavente el 30 de diciembre y sale de la villa persiguiendo a los ingleses el 1 de enero de 1809; en un correo que le llega de París antes de entrar en Astorga varía su decisión de persecución y decide regresar a la capital del Imperio: su signo iba a cambiar. Disponemos de un documento importante para conocer el siglo XIX: El Diccionario de Madoz. De su lectura podemos tener noticia de datos geográficos y administrativos, calidad de terrenos, vegetación, vías de comunicación, aspectos religiosos…
Durante el siglo XX la construcción de obra pública tiene su protagonismo. En primer lugar una infraestructura viaria: la carretera que enlaza Valderas con Roperuelos y cuyo tramo principal para salvar el Esla lo constituye el puente que reemplazaba a la barca y abrió una nueva ruta más acorde con los tiempos; también debemos mencionar como obra pública la construcción de las nuevas escuelas: la Corporación local había comprado en 1913 al párroco D. Ángel el corral de la casa rectoral para edificar en él las nuevas escuelas; se encargó al arquitecto D. Juan Crisóstomo Torbado el confeccionar los planos y memoria de la obra; se construyó en seis meses: desde la primavera a octubre de 1924 y fueron inauguradas solemnemente el 6 de diciembre del mismo año; se las dotó de luz eléctrica, de agua potable con el sondeo de un pozo artesiano próximo y se plantaron 25 árboles delante de la fachada del edificio y en el patio. Cumplimentando la obra se levantaron dos casas dignas para los maestros cercanas al centro docente.
Una vida efímera tuvo el Sindicato Agrícola constituido en 1935 puesto que desapareció con la llegada del régimen de Franco.
Arquitectura religiosa: la nueva iglesia. En 1954 accedió al cargo de párroco D. Evencio; desde su toma de posesión pensó que era necesaria la construcción de una nueva iglesia, corrían los tiempos en que la parroquia dejó de pertenecer a la diócesis de Oviedo y se incorporó a la de León. D. Miguel Baz, arquitecto municipal de Valladolid e hijo del pueblo redactó el proyecto gratuitamente; en septiembre de 1956 se colocó la primera piedra, con la colaboración desinteresada de los vecinos, la donación de bienes comunales cedidos por el pueblo, la aportación económica del Obispado, del Ministerio de Trabajo y de vecinos residentes fuera del pueblo. El templo de hormigón se pudo consagrar el 28 de septiembre de 1958.
En la década de los 60 el desarrollismo provocó en la localidad un importante éxodo rural hacia las áreas industrializadas del país.
La corporación municipal de la localidad acordó el 4 de mayo de 1974 incorporar el Ayuntamiento de Villafer al de Villaquejida.
