EDAD MODERNA (1492-1789)
Siglo XV (último tercio): los trastámara, los Reyes Católicos
A lo largo de toda la Edad Moderna Villafer seguía siendo tierra de Benavente y señorío del conde de Benavente. Este fue el marco general de España.
Una de las mayores realidades en este período fue la construcción del Estado Moderno. El enlace matrimonial de Isabel y Fernando, ambos de la casa Trastámara, en 1469 que suponía la unión de las coronas de Castilla y Aragón no fue definitivo hasta diez años después cuando Isabel se consolidó como reina de Castilla y Fernando heredó la Corona de Aragón. El 2 de enero de 1492 con la conquista del Reino de Granada para Castilla finalizó el último episodio de la Reconquista. En 1512 un ejército castellano ocupó Navarra.
No se produjo la unidad nacional de España sino la unión personal o dinástica: durante los siglos XVI y XVII los distintos reinos (Castilla, Aragón, Valencia, Mallorca) y principados (Cataluña) estuvieron gobernados por un mismo monarca pero cada entidad conservaba sus leyes o fueros, instituciones de gobierno, lengua y costumbres propias. La Corona de Castilla y de Aragón mantuvieron sus aduanas y monedas; el único organismo común fue la Inquisición. Con la expulsión de los judíos se consiguió la unidad religiosa. La unión, no obstante, supuso de hecho la hegemonía de Castilla; las bases de esta preponderancia fueron: su mayor superficie y población, su economía agraria; el rasgo más característico de la economía castellana fue el auge de la ganadería lanar que proporcionaba grandes ingresos a la monarquía a través de la alcabala y del servicio y montazgo (exigido desde la época bajomedieval por la monarquía sobre el ganado trashumante).
La Corona de Castilla reorganizó la Hacienda y el sistema de impuestos que estarían en vigor hasta el siglo XVIII. Se basaba en dos tipos de ingresos: los ordinarios como la alcabala (10% de todas las compraventas) que aportaba el 80% de los ingresos y los extraordinarios: los obtenidos de la Iglesia, servicios o impuestos que concedían las Cortes...
La organización social seguía siendo estamental y en esta época salieron reforzados los grupos privilegiados (nobleza y clero). La nueva nobleza fue introducida por los Trastámara. Su riqueza era esencialmente agraria y ostentaban un gran dominio por el régimen señorial que englobaba poder territorial y autoridad sobre dominios nombrando cargos públicos y la administración de justicia. Además gozaban de monopolios (de molino, horno, lagar…) que les permitían controlar la actividad económica y obtenían sustanciosos beneficios. El otro estamento privilegiado fue el clero. Gozaban de privilegios y exenciones (de impuestos y del deber militar).
Los no privilegiados, la gran mayoría, tenían muchos deberes y pocos derechos. Casi todos los podemos encuadrar en el campesinado; estaban sometidos al poder señorial.
Siglo XVI: los austrias mayores
El primer austria o habsburgo Carlos I, hijo de Felipe el Hermoso y de Juana la Loca - la heredera de los Reyes Católicos- fue proclamado en 1516 rey de las Coronas de Castilla y de Aragón. El nuevo rey inició una monarquía autoritaria, típica del XVI, que se caracterizó por el deseo de los reyes de controlar las decisiones políticas, económicas, jurídicas y militares; fue el inicio del camino hacia la monarquía absoluta. Los dos monarcas conocidos como austrias mayores -Carlos I (1516-1555) con su Imperio universal y su hijo Felipe II (1556-1598) con el Imperio hispánico- mantuvieron las 
cortes, fueros y costumbres de cada
uno de los diferentes reinos pero intentaron crear una monarquía fuerte y autoritaria. La mayor parte de los impuestos recayeron sobre el grupo más empobrecido del Tercer Estado: campesinos y pastores.
Siglo XVII: los austrias menores
Felipe III (1598-1621) inauguró una nueva etapa de los austrias españoles; posteriormente tanto Felipe IV (1621-1665) como Carlos II (1665-1700) renunciaron expresamente a
ejercer personalmente las tareas de gobierno que pasaron a manos de ministros omnipotentes, los validos. Muchos de ellos utilizaron el poder en su propio beneficio y creció el nivel de corrupción e ineficacia de la Corona.Por otra parte las guerras consumieron enormes recursos y depauperaron a Castilla que era la que las financiaba.
En este siglo se dio una fuerte recesión: fue la crisis del XVII. La población registró un importante retroceso, la agricultura empeoró; el hambre, las guerras y las epidemias contribuyeron a aumentar la despoblación mientras se incrementaban los impuestos. Tampoco la ganadería se libró de la decadencia y la Mesta vio cómo se reducía el número de cabezas. Al fallecimiento de Carlos II sin descendencia tiene lugar la guerra de Sucesión al trono, vencieron los partidarios de los borbones.
Siglo XVIII: los borbones
Llegó al gobierno de España una casa monárquica nueva: los borbones. Felipe V (1700-1746), sus hijos Fernando VI (1746-1759) y Carlos III (1759-1788) y el hijo de éste Carlos IV (1788-1808). El Antiguo Régimen continuó su vigencia: la sociedad estamental mantuvo su sistema económico y social. El Tercer Estado –los no privilegiados- soportaba gran parte de la carga económica del Estado. Los campesinos, la mayor parte de la población, continuaban sometidos al régimen señorial que les obligaba a entregar la mayor parte de sus rentas manteniéndoles en los límites de la supervivencia; casi todo el campesinado era arrendatario o jornalero.
Los borbones reafirmaron la monarquía absoluta, centralizaron y uniformaron todo el territorio: Felipe V impuso la organización político-administrativa de Castilla a los 
territorios de la Corona de Aragón. Hicieron intentos de racionalizar y modernizar España. 
Con Fernando VI se pretendió un reformismo borbónico. Intentaron la reforma del sistema impositivo procurando que todos los habitantes pagasen en relación a su riqueza –cuota fija-, incluyendo a los privilegiados (nobles y clero). En esta línea se diseñó el Catastro de Ensenada (Ver Villafer en el catastro del Marqués de la Ensenada) pero la fuerte resistencia de los privilegiados impidió su aplicación. Con Carlos III triunfó el despotismo ilustrado: se aceptó que la debilidad de la burguesía y la ignorancia de las clases populares hacían imposible cualquier programa de cambio que no fuera asumido por la monarquía. Proyectó la reforma económica y entre otras medidas se pretendió limitar los privilegios de la Mesta. Jovellanos fue encargado de un informe sobre el “Expediente de la ley Agraria”, visión certera de los problemas de la agricultura española del siglo XVIII, pero los remedios propuestos apenas se pusieron en práctica ya que el peso de la nobleza y del clero hizo imposible la reforma.
A mediados del XVIII Villafer seguía siendo tierra de Benavente y señorío del conde de Benavente.
Como se sabe, en el Antiguo Régimen las villas y lugares podían ser de señorío, de realengo o de abadengo, dependiendo de la jurisdicción a que estuvieran sometidos: un señor, el rey o una institución eclesiástica (generalmente un monasterio), respectivamente.
Villafer era un lugar de señorío, cuyo señor era el Conde de Benavente, quien como tal tenía una serie de privilegios sobre la población, llamados derechos señoriales. Estos derechos consistían fundamentalmente en un largo conjunto de impuestos que debía pagar el vecindario, percibidos unos por el propio Conde y otros cedidos por este a otras instituciones. Abusivos gravámenes para el pueblo que, es de suponer, pagaría a regañadientes. Con la desaparición del Antiguo Régimen, desaparecieron también los señoríos, realengos y abolengos.
Derechos que percibe en Villafer el propio Conde
Derecho de alcabala (46 rs y 16 mrs).
La martiniega (24 mrs de cada vecino pechero; en total: 20 rs).
El portazgo (referido a la barca; 100 rs).
El foro de paja (de cada vecino labrador pechero, medio carro; reducido a granos: una carga y nueve heminas de trigo y otro tanto de cebada).
Una casa dezmera de granos y mosto: 6 cargas de trigo, 15 de centeno, 5 de cebada y 40 cántaros de mosto.
El foro de arrotos: 46 cargas, 11 heminas y dos celemines de trigo y lo mismo de cebada.
Cesiones a otras instituciones
Al convento de Santa Clara de Benavente: 14 cargas y dos celemines de pan mediado, trigo y cebada.
Al cabildo eclesiástico de Benavente: 12 cargas de dichos granos.
Al convento de San Bernardo de Benavente: tres cargas de trigo y lo mismo de cebada.
Al convento de Sancti Spiritus: dos cargas y dos heminas de trigo y tres cargas y tres heminas de cebada.
A D. Juan Tomás de Rivas, presbítero: tres cargas y media de trigo y otro tanto de cebada.
A la fábrica de Santa María de Benavente: dos cargas de trigo y otro tanto de cebada.
A Don José Orozco y Danilo, vecino de Portillo: dos cargas y ocho heminas por mitad de dichas especies.
(Recopilación de Feliciano Martínez)
Su producción agrícola era de secano de año y vez (trigo, centeno, cebada), viñas y prados. El Concejo era dueño de un plantío de álamos y chopos. La población la componían 113 vecinos y en el poblamiento existían 129 casas habitables. Mantenía el Concejo de Villafer un pleito con la villa de Benavente sobre la propiedad de la barca. Había 39 jornaleros con un jornal diario de un real y medio. Tres sacerdotes atendían el culto.
